La città vanta una presenza notevole di organi, alcuni dei quali di alto livello qualitativo e ogni chiesa retribuiva un organista per le funzioni. Una delibera del cardinale Giulio Feltrio Della Rovere del 1570 vietava in chiesa l'uso di qualsiasi strumento musicale eccettuato l'organo, a causa "degli effetti di lascivia e impurità" che fomentavano. Nel convento delle monache benedettine del convento di S. Maria della Neve, che era dotato fin dal 1540 di un organo di Giovanni Battista Facchetti, la musica era talmente in auge che fu oggetto di richiamo nel 1579 dal visitatore apostolico, che rilevò essere questa anteposta alle pratiche religiose. Il richiamo non sortì forse l'esito voluto dalle autorità, in quanto le stesse nel 1609 commissionarono ad Adriano Banchieri, monaco olivetano residente a Bologna, quella che divenne l'op. XXIII, il Vezzo di Perle Musicali modernamente conteste alla Regia Sposa effigiata nella Sacra Cantica (Ve: 1610). Con i secoli, molti organi sono andati distrutti, dispersi e di alcuni sappiamo solo che esistettero, come, ad esempio, quelli che ornarono le funzioni a S. Chiara, S. Dalmazio, S. Donnino, S.Giorgio, S. Maria in Torricella, S. Rocco.