La serie dei maestri della cappella, che si incontra dal 1545, appare discontinua, in quanto si era soliti ricorrere, a seconda delle esigenze, a musicisti dalle provenienze più varie o ai maestri di cappella della cattedrale. Compaiono così, anche il varie riprese:
Cipriano Boselli (fino al 1591);
Gabriele Villani (1598-1623);
Luigi Roinci 'francese' (1599);
Giovanni Pietro Grandi (1601);
Giulio Cesare Quinzani (1602);
Giovanni Battista Maggi (1606);
Tiburzio Massaino (1607);
Pietro Girolamo Grandi (1607);
Sigismondo d'India (1609);
Alessandro Nicelli (1609);
Gasparo Villani (1610);
Girolamo Guarnaschelli (1610, 1617, 1622);
Pietro Giulio Secchi (1612, 1613, 1616);
Giovanni Angelo (1622, 1627);
Giulio Cesare De Colli (1623-1627);
Francesco Galassini (1628);
Giovanni Battista Bolli (1649, 1650, 1664);
Giuseppe Allevi (1653);
Antonio Cossandi (1654);
Giovanni Battista Policci (1662-1666);
Isidoro Tortona (1669-1674);
Francesco Maria Bazzani (1679-1698).