La chiesa di S. Maria di Campagna attualmente ospita 2 organi usciti dalla bottega dei fratelli Serassi di Bergamo nella prima metà del secolo scorso. L'organo grande è uno strumento romantico a trasmissione meccanica munito di 2 tastiere e 17 pedali. Fu costruito utilizzando il materiale di quello del 1528, opera di Giovanni Battista Facchetti, e nel 1825 prese il posto di quello in cornu epistolae. Il progetto fu di padre Davide da Bergamo, organista della chiesa. 2 sonetti (s.a.), dedicati A Carlo Serassi e fratelli, vollero eternare la memoria del fatto. Nel 1861 Adeodato Bossi Urbani da Bergamo vi aggiunse un registro. Nel 1975-78 fu radicalmente revisionato da Tamburini. È stato restaurato dall'organaro cremonese Daniele Giani e inaugurato il I giu. 2000 con un concerto di Guy Bovet. Nella cantoria di fronte al Facchetti tra il 1615 e il 1622 Michel Angelo Rangoni aveva costruito un secondo strumento, che fu smantellato nel 1778. Di fronte al Serassi fanno simmetria le canne costruite nel 1788, forse da Pietro Cavalletti. L'altro organo, quello piccolo, proviene dal Teatro Municipale dove era stato istallato nel 1836. In origine era uno strumento 'di casa' dei Serassi e venne modificato per adattarlo all'uso del Teatro. Dopo decenni di abbandono, è stato restaurato nel 1991 dall'organaro Giorgio Carli di Pescantina e collocato nella chiesa, non essendo possibile riportarlo nella sede originaria. La prima notizia di un organista assunto regolarmente risale al 1532 e riguarda Giacomo Raimondi detto Brambilla. Seguirono:
Cipriano Boselli (dal 1572);
Gabriele Villani (dal 1588);
Michele Ghezzi (1593);
Annibale Brambilla (dal 1593);
Lorenzo Frisoni (dal 1595);
Giovanni Pietro Grandi (dal 1600);
Pietro Girolamo Grandi (dal 1604);
Gabriele Villani (1607-1624);
Pietro Antonio Lamoretti (1625);
Giacinto Campi (1625);
Giovanni Battista Ferregalli (1625-1629);
Giovanni Battista Grossi (1648 e 1649);
Melchiorre Bacenti (1649 e 1650);
Carlo Orazio Cotta (1652-1654).