Studiò flauto con Francesco Raguzzi e con rescritto sovrano 18 giu. 1828 fu dichiarato idoneo come aspirante della Ducale Orchestra. Oltre che collaborare con la stamperia dei fratelli, con decreto 16 dic. 1834 fu nominato II flauto dell'orchestra del Teatro Ducale di Parma, con uno stipendio di 600 lire all'anno. Con decreto 29 dic. 1841 fu promosso I flauto. Lo Stocchi, circa una esecuzione dei Lombardi, alla data del 6 mag. 1846, riporta: "Il preludio del terzetto [per violino] che era suonato dallo Squassoni (applauditissimo) per sua malattia viene eseguito da Flaminio Tovagliari col flauto: applausi". Si esibì come solista anche negli intermezzi degli spettacoli. Come risulta dalle domande presentate al Teatro, fu invitato a suonare anche in altre città (Firenze, Monticelli d'Ongina, Pontremoli, Livorno) e nel 1848 insegnava lo strumento agli allievi del Convitto Maria Luigia. Con la decadenza del Teatro Regio dopo la fine del Ducato e lo scioglimento dell'orchestra stabile, fu collocato in pensione dal 7 ott. 1875. Iniziò a suonare nei teatri della provincia anche l'ocarina e lo zufolo di latta, con i quali dette un grandissimo numero di concerti, eseguendo anche sue composizioni e trascrizioni per questi inusuali strumenti. Composizioni didattiche: Grande studio per flauto di tutti i modi dei diesis maggiori e minori diviso in 14 esercizi; Grandi studi per flauto. II e III fascicolo: tutti editi dalla casa editrice Tovagliari; 12 esercizi per flauto (Mi: Lucca); 9 esercizi per flauto onde facilitare l'uso delle chiavi (Mi: Ric); 14 esercizi utili e dilettevoli in tutti i toni maggiori e minori dei diesis per flauto (Mi: Canti); Esercizi per fl (ms). Composizioni per pianoforte: Album da ballo dedicato ai suoi allievi del Collegio Maria Luigia di Parma (Milano: Gio Canti), contiene: Apollo, valzer; Luna, polka; Stella, mazurka; Cometa, polka; Zeffirina, galop. Compose ancora per flauto: 12 waltser; 20 waltser per flauto solo editi dalla casa editrice Tovagliari; Canto greco variato, per fl e pf (Mi: Canti); Il carnevale di Venezia, per fl e pf (Mi: Canti); Polka delle maschere, per fl e pf (attribuito, ms); Valzer dal ballo 'La figlia del bandito', per fl (attribuito, ms). Per gli strumentini compose: Metodo per ocarina (ms); Tirolese sul Guglielmo Tell e waltzer per ocarina (ms); Divertimento sull'opera Nabucco, per zufolo (ms); Tema e variazioni, per zufolo (ms); Il carnevale di Venezia con grandi variazioni, per zufolo (ms); Mazurka con variazioni brillanti, per zufolo (ms); Pensiero nella Figlia del reggimento, per zufolo (ms); Waltzer variato, per zufolo (ms).