"Nell'insigne Collegiata di S. Bartolomeo" il 7 nov. 1639 esisteva già un organo, in quanto fu "riconfermato il detto organista alla chiesa Collegiata con li soliti capitoli et in ampla forma". La G.Pr del 4 lug. 1840 dedicò un supplemento all'organo nuovo costruito da Carlo Serassi e fornito di 44 registri e dei più moderni accorgimenti. Nel 1930, utilizzando parte del materiale, Pacifico Inzoli ne costruì uno nuovo, che fu posto nell'abside. Nel 1975 è stato restaurato e ampliato dalla ditta Tamburini. Nell'oratorio della SS. Trinità vi è un organo positivo di autore ignoto della seconda metà del XVIII secolo proveniente dalla chiesa di S. Maria di Busseto, dove era collocato in cantoria in cornu epistolae. Nel 1980 è stato restaurato dalla ditta Tamburini. Nella chiesa della SS. Annunziata esiste un piccolo organo del 1781, intatto, opera del lodigiano Giovanni Battista Chiesa. Nella parrocchiale di S. Rocco in Busseto vi è un organo di Pietro Cavalletti del 1791. Restaurato e accresciuto dalla ditta Aletti di Monza nel 1882, fu restaurato da Cavalli nel 1891. Alla metà di questo secolo è stato spostato da Armando Pasta. Nel monastero di S. Maria degli Angeli vi era un organo Bossi del 1775 che nel 1912 fu venduto alla chiesa di Trevozzo in Valtidone. Attualmente vi è un organo di Enrico Vegezzi Bossi di Torino del 1908, sul quale negli anni 20 è intervenuto Giovanni Rotelli da Cremona. Nella frazione delle Roncole, nella parrocchiale di S. Michele Arcangelo nel 1736, come si legge in una Memoria, l'organo, di cui si ignorano le caratteristiche, venne trasferito in cornu Evangelii. Nel 1797 ne fu acquistato uno nuovo a trasmissione meccanica di Ferdinando Bossi da Bergamo. Su questo strumento studiò Giuseppe Verdi. Dato che non suonava più da anni, nel 1900 il maestro Leopoldo Mugnone, avuto il parere favorevole di Verdi, che soggiornava a S. Agata, dette l'incarico all'organaro Filippo Tronci da Pistoia di restaurarlo, cosa che questi fece gratuitamente. Il 21 ott. ci fu l'inaugurazione con un concerto di Enrico Barsanti, organista della chiesa dei Cavalieri di Pisa. Nel 1924 fu restaurato da Giovanni Rotelli da Cremona e nel 1964 dalla ditta Tamburini: fu inaugurato lཇ ott. con un concerto di Giuseppe Zanaboni. Nel lug. 2000 è iniziato il restauro completo, effettuato dalla ditta Daniele Giani di Corte de' Frati (Cremona). È stato inaugurato il 29 set. 2001 con un concerto di Andrea Mora, organista della chiesa, e con un pontificale con la Schola cantorum della collegiata di Busseto, diretta da don Tarcisio Bolzoni. Dal 1870 l'organista fu un sarto, Evaristo Negroni, e dal 1912 al 1962 Luigi Demaldé.