La collegiata di S. Fiorenzo fu consacrata il 15 ott. 1525 e dal registro delle "Expense fabrice plebis Florentiole" del 1536 sappiamo che vi era un organo (dalla lettura sembrerebbe che gli strumenti fossero addirittura due). Si legge infatti: "Frater Philippus de Parma debet habere pro organo ani 1536 libre 50. Florentius de Vachetis pro dicto organo libre 3. Florentius de la Verdina pro sonando letanias libre 3". E in data 25 mag. 1537: "Eodem die datur libre 5 pro concinatione organi magistris duobus de Cremona". "Die 30 maj 1537: quos dedi magistris qui concinaverunt organa libre 8". "Quos dedi organiste die 4 julii libre 6". Nel 1773, a spese della Comunità, cui Enrichetta Farnese il 4 mag. 1731 aveva accordato l'esazione di un soldo e mezzo per ogni libra di sale, fu costruito un organo da Giandomenico Traeri. Non è chiaro se si trattò di un nuovo strumento o di un restauro approfondito del precedente: il lavoro, comunque, fu terminato nel 1747. Nel 1773 fu rinnovato da certo De Benedetti da Desenzano e ancora nel 1786. Il canonico organista aveva il diritto di suonare l'organo nelle cerimonie ordinarie, mentre per le straordinarie il capitolo doveva chiedere il permesso alla Comunità: per le liti che sorgevano, dovette intervenire anche il duca Don Ferdinando. Nel 1819 l'organo fu rifatto dai fratelli Serassi,mentre dei restauri in epoca più recente sappiamo di un intervento nel 1883 di Tito Tonoli.Nel 1966 lo strumento fu ampliato ed elettrificato, ma, guastatosi, non fu fatto più suonare.Nel 2004 il restauro e ripristino è stato affidato alla ditta Pacifico Inzoli dei fratelli Ionizzi di Crema.