La prima notizia di un organo risale a un documento del 2 apr. 1698 (Trevozzo, Archivio parrocchiale) dove si legge: "La chiesa Parrocchiale assai nobile, proveduta di decorose suppellettili con Organo e Organista salariato, che assiste continuamente per l'Officiatura che si fa nella medesma". In un inventario del 1722 (Archivio parrocchiale, D. 1) vi è poi una descrizione sommaria dello strumento, senza indicare, però, il suo autore. Nel 1748 Innocenzo Sacchi, che già aveva accordato l'organo anni prima, provvide a una pulizia "della polve, di cui è molto imbrattato" e nell'apr. 1781 il "prof. Pietro Canaletti" [a nostro parere è una lettura inesatta di Pietro Cavalletti] effettuò un restauro con ampliamento dello strumento, mentre una nota del 29 lug. 1792 riporta che "l'organo di questa chiesa è ormai tutto consunto e guasto". Questa relazione fu confermata nel 1796 dall'organista don Alessandro Belleni che nel dic. presentò un preventivo dell'organaro Pietro Chiesa "per la restaurazione dell'Organo": lire 3300, moneta corrente, da pagarsi in 3 rate. Nel capitolato furono indicate tutte le parti da riparare, sostituire e aggiungere e la garanzia valida per 1 anno. Dopo 50 anni l'organo era "ora mai inservibile" e nel 1848 si provvide a effettuare le riparazioni più urgenti. Il 7 lug. 1861 Angelo Cavalli presentò un progetto per un nuovo strumento e padre Davide da Bergamo espresse il parere che la somma richiesta era "moderata ed equa". Il contratto fu stilato con il Cavalli e il suo socio Gualtiero Anelli: 3400 lire, meno 100, quanto fu valutato il vecchio strumento. Il 14 lug. 1862 fu fatto il collaudo da padre Davide. Nel 1896 Giuseppe Cavalli effettuò un restauro generale e il collaudo fu effettuato da Alessandro Balduini, organista della collegiata di Castel S. Giovanni. Lo strumento fu ampliato ed elettrificato nel 1931. Nel 1961 Giuseppe Zanaboni fu invitato a stendere un progetto per un nuovo organo, che fu affidato alla ditta La Fonica di Padova: essendo questa fallita, l'opera fu conclusa dalla ditta La Frescobalda, che era composta da dipendenti della società fallita e fu inaugurata l'8 dic. 1961 dall'organista della chiesa Giuseppe Solenghi e da Giuseppe Zanaboni.