Prima del 1453 vi era un organo, probabilmente costruito dai fratelli reggiani Bartolomeo e Gugliemo Dell'Alpa. Nello stallo del coro n. 13, costruito nel 1514, è raffigurato un organo con alcune note musicali di Josquin Desprès (1450-1521): probabilmente rappresenta quello strumento, di cui si conservano ancora diverse canne che furono riutilizzate nello strumento attuale, costruito nel 1544 da Giovanni Battista Facchetti per 200 scudi d'oro, pagabili in 4 rate. Si presenta con un'imponente facciata di canne alte fino a 5 metri. Nel 1598 lo strumento, che era collocato nel transetto destro del presbiterio, fu spostato nell'abside centrale. Collocato in origine nella cappella di S. Alessio, fu restaurato nel 1676 da Francesco Grasselli e nel 1686 fu ampliato dagli organari Carlo e Giuseppe Lanzi. Nel 1839 fu ancora ampliato e la manutenzione fu tenuta dal 1840 al 1869 da Cesare Gianfré. Nel 1898 fu trasportato nel coro in cornu evangelii. L'ultimo restauro è quello effettuato dalla ditta Mascioni di Cuvio, ed è stato inaugurato nuovamente il 10 mar. 1991. Alla fine del 500 nella cripta vi era "un'Organetto di tanta bontà, che più non può desiderarsi. Tal che oltre il comodo che se ne sente quando si và ad officiar quà di sotto, si sente l'huomo tocco da divotion grandissima". Da un documento del 1631 risulta che Ercole e Michelangelo Valvassori di Milano dovettero "accomodare l'organo picciolo, e grande se n'havrà bisogno". Da un documento del 1708 risulta che il piccolo organo cinquecentesco fu trasportato nella cripta da Pietro Antonio Marmiroli e che fu venduto nel 1717 per acquistarne uno dalla chiesa di S. Giovanni di Parma. Il montaggio fu effettuato da Domenico Ficcarelli. "L'organo picolo che serve per i soteranij nel inverno" nel 1818 fu acquistato dall'organaro lodigiano Pietro Chiesa e, mentre è descritto in cattivo stato nel 1894, non compare in una descrizione della chiesa del 1899