La chiesetta romanica, che si trovava dove fu poi costruito l’attuale edificio monumentale, possedeva un organo e la più antica memoria di un organista risale al 3 dic. 1489 quando già da un anno «Polidoro nostro organista» era pagato con 18 lire e 4 staia di frumento all’anno. Nel 1490 questi venne confermato e la mercede elevata a 20 lire, poi nel 1502 a 30. Il saldo all’erede venne liquidato il 23 giu. 1513. Dal 1513 al 1515 l’organista fu Marc’Antonio Pasquali.Nel 1510 la vecchia chiesa venne abbattuta, e tra il 1513 e il 1515 si lavorò allo strumento per la nuova chiesa, che forse fu opera di Cristoforo Traparello: fu collocato nel transetto in cornu epistulae, Girolamo Mazzola ne dipinse le ante e su suo disegno furono costruite le parti in legno. Il 24 dic. 1515 l’organista Domenico Della Musa iniziò a lavorare per 42 lire «a rason de ano», paga portata dal 25 feb. 1518 a 55 lire e dal feb. 1523 a 85. Successivamente, fino al 1525 troviamo in servizio un altro organista, Marco Antonio detto ‘l’Organista’, che fu sepolto nella chiesa stessa. Tra il 1520 e il 1522 lo strumento fu accordato da «Jacobino e Augustino fratelli de Sisorani che stanno a Cremona», retribuiti con 5 ducati all’anno. L’accordo fu sciolto il 9 gen. 1523 dal notaio Girolamo Balestra e dal 24 mar. subentrò mastro Girolamo da Venezia che, «venendo una sola volta all’anno» da Padova, percepiva 2 ducati d’oro, purché il monastero gli facesse le spese durante l’accordatura dell’organo e gli mandasse incontro al convento di S. Benedetto di Polirone a Mantova una cavalcatura e ce lo riportasse. Nel XVI sec. lo strumento subì continue revisioni e allargamenti per mano di Pasquale Testi e, intorno al 1580, furono aggiunte 15 canne ad opera di Benedetto Antegnati; altre 8 poi ai primi del XVII sec. Tra il 1644 e il 1650 l’organo venne trasportato da Cristoforo Rangoni nel punto dove si trova tuttora, mentre nel 1666 le porte dipinte vennero vendute alla corte farnesiana.Il 29 mar. 1651 si decise «di fare il nuovo Organo» come quello già esistente «di modo che in tutto si corrispondano insieme e siano onninamente simili»: è stato scritto che questo fu opera del tedesco Andrea Pagalebra e il Sanseverini (ms parm 433), senza nominare l’autore, scrisse che era di 30 registri e che venne collocato nel 1764; di esso oggi rimane solo la monumentale cassa. Lo Sgavetti (Cronaca, v. IX, 14 set. 1764) invece scrisse: «Per la funzione della S. Croce in S. Giovanni Evangelista, si è udito per la prima fiata (massimamente Publica) il famoso nuovo Organo fato dal Sig. Cavaleti, sonato da lui facendo sentire tutti li strumenti, e poi timpani, tamburi, bassi tali che rimbombano a meravilia. Costa molto». Nel lug. 1790 vi posero mano Andrea e Giuseppe Serassi che imposero all’antico strumento l’impronta della loro scuola. Con la soppressione degli ordini religiosi ed espulsi i monaci nel 1866, l’organo venne manomesso e derubato delle migliori canne. Nel 1920 la comunità monastica ottenne nuovamente l’uso del monastero e 7 anni dopo la ditta Tamburini ricevette l’incarico del restauro su progetto dell’organista della chiesa Luigi Ferrari Trecate, che tenne il concerto di inaugurazione il 29 giu. 1931. La stessa ditta ha proceduto a lavori di ammodernamento nel 1944 e di restauro generale nel 1996. E’ stato inaugurato il 18 apr. 1997.