Nel 1539 fu finito di pagare "l'organo novo a mastro Batt.a Organista per prezzo di lire 1237,10". Il Migliorini ipotizza che questo Battista potesse essere Giovanni Battista Facchetti di Brescia, attivo in quegli anni a Piacenza. Nel 1689 Domenico Poncini fu incaricato di realizzare "un organo in perfezzione, comprendendovi però tutte le canne dell'organo vecchio che saranno buone; e quelle che non saranno buone o rifarle di nuovo o accomodarle in buona maniera": il tutto per 3200 lire. Nel 1818 il materiale fu utilizzato per uno costruito da Serassi, che nel 1863 fu a sua volta sostituito da uno dei fratelli Lingiardi di Pavia. Nel 1903 lo strumento fu spostato da sopra il portale d'ingresso in cornu epistolae, dopo essere stato trasformato a trasmissione elettrica da Tamburini. Nel 1945 la stessa ditta ne costruì un altro, che fu inaugurato dall'organista del duomo Emilio Gorgni e da Giuseppe Zanaboni. Nella chiesa vi è anche un piccolo organo di Traeri del 1750 circa.