La famiglia desiderava che si dedicasse alla carriera forense, e fu allievo del Convitto Maria Luigia di Parma: nel contempo studiava pianoforte con Michele Cardinali e Stanislao Ficcarelli e armonia con Giovanni Rossi. A 19 anni compose il balletto Il disertore, che venne eseguito nel Teatrino del Convitto. Nel 1876 si recò a S. Pietro a Majella di Napoli per terminare la preparazione con Lauro Rossi, e dove studiò canto con il maestro Scafati. Nel 1876 debuttò come direttore d'orchestra a Pordenone e subito dopo fu al Teatro La Fenice di Venezia per fare il sostituto di Emilio Usiglio. Nel 1878, su libretto di Francesco Guidi, terminò la composizione dell'opera seria Roderigo di Spagna (iniziata mentre studiava a Napoli), che diresse con successo al Teatro Regio di Parma per 13 repliche dal 20 aprile. Vi cantava la cremonese Giuditta Casali, cui Bavagnoli dedicò la romanza Il sogno, cantata nella serata d'onore del compositore. L'opera, acquistata da Ricordi, che pubblicò il recitativo e la romanza del III atto "Regna silenzio funebre", venne ripresa a Modena nel 1878-79 e l'anno dopo a Cagliari. Nel 1880 diresse le stagioni d'autunno al Teatro Vittorio Emanuele di Messina e al Politeama di Palermo. Nominato a Reggio Emilia direttore dell'orchestra del Teatro Municipale e della Scuola comunale di musica, vi insegnò pianoforte, composizione e canto. Qui diresse anche concerti sinfonici, tra i quali, il 14 mar. 1886, la Sinfonia in mi min. di Franchetti. Nel 1888, dopo aver condotto al successo l'Asrael di Franchetti al Teatro di Reggio Emilia ed aver compiuto con quest'opera un applaudito giro per l'Italia, iniziò a dirigere nei maggiori teatri italiani e stranieri. Nell'autunno 1891 diresse al Teatro Maria di Odessa (Aida, La favorita, Gli Ugonotti, Ernani) e nel 1892 fu al Comunale di Bologna. Nel carnevale quaresima 1893 diresse la stagione al Politeama Genovese; nel set. 1901 diresse il Faust di Gounod e l'Absalonne di Taccheo al Politeama di Adria: il Casellati scrive che "si distinse nella correzione della partitura e delle parti". Nel set. 1902 diresse al Teatro Verdi di Genova. Ritiratosi dalle scene, aprì a Milano un'apprezzata scuola di canto, e tra i suoi allievi si può ricordare Aureliano Pertile.
Scrisse una Sinfonia (1889), che fu premiata dall'Accademia di Firenze.
Gaetano, direttore d'orchestra assai attivo, (Cremona, 9 set. 1879 - Milano, 4 giu. 1933) nacque dal matrimonio di Manlio Bavagnoli con Giuditta Casali. Anche se comunemente (Schmidl e altri) h indicato come nato a Parma, aveva visto la luce nella città natale della madre.