Non si ha notizia di organi precedenti al 1890. Il 12 gen. 1891 venne collaudato da Giulio Mosconi il nuovo organo Cavalli collocato sulla cantoria addossata alla facciata. Nel 1952 venne decisa la sostituzione con uno della ditta Guerrini di Bassano del Grappa, riutilizzando gran parte del materiale esistente. Il nuovo strumento, collocato dietro l'altare maggiore, venne inaugurato il I ago. 1954 con una relazione di mons. Mario Dellapina e un concerto della Corale Bercetese unita alla corale del Seminario. Lo strumento dette però presto segni di grave decadenza e suonò l'ultima volta l'11 feb. 1963. L'11 ago. dello stesso anno fu inaugurato il nuovo strumento costruito dalla Frescobalda. Nel 1971 lo strumento venne diviso in due parti e spostato sulle pareti di fondo dei transetti. Completamente revisionato nel 1985, nel 1990 fu ampliato.